مشکلات عمدۀ رویه گمرکی در رابطه با فرآیند واردات عبارتند از
1. تعرفه هاي بالاي گمركي جهت حمايت از صنايع داخلي.
2. عدم عزويت ايران در سازمان تجارت جهاني
3. وجود تحريم هاي همه جانبه عليه كشور
4. عدم وجود اعتبار بانك هاي داخلي نزد بانك هاي بين المللي
5. ايجاد فرايند طولاني واردات و پرداخت ها
6. قوانين دست و پا گير و سنتي نظام گمركي كشور كه مربوط به دهه هاي قبل و شرايط آن زمان مي باشد.
7. افزايش 5 تا 10درصدي هزينه ها و افزايش مدت زمان وارد كردن كالا به ايران از جمله مشكلات ايجاد شده در اثر تحريم بانك هاي ايراني است.
8. بانك هاي تراز اول جهان با بانك هاي ايراني دولتي و خصوصي كار نکرده و تجار ايراني براي گشايش اعتيبارات اسنادي به بانك هاي واسطه مراجعه مي كنند. و این سبب افزایش ناخواسته قیمت تمام شده کالا برای مصرف کننده داخلی است.
9. نداشتن یک استاندارد بین المللی مناسب که مانع از ورود و فروش کالا های چینی به بازار ایران شود.
10. کاهش روز افزون ارزش پول کشورمان در مقابل سایر ارزهای بین المللی.
11. عوارض گمرکی بالا و غیر منطقی که از بارزترین نتایج ان عقب ماندگی تجاری از تمام دنیا و رو اوردن بسیاری از افراد به پدیده قاچاق کالا می باشد که با توجه به بازار مناسب داخلی و رغبت مشتریان به مصرف کالای خارجی با کیفیت علی رغم کنترل های شدید مرزی و گمرکی می باشد که علاوه بر افزایش میزان تعطیلی کارخانجات و نرخ بیکاری در کشور هزینه های جبران ناپذیری را به اقتصاد یک کشور تحمیل می کند.